На начало 2018 года размер базы Biotyper составляет более 2500 видов микроорганизмов. Стоит отметить, что Bruker активно пополняет базу Biotyper. Так, еще 5 лет назад база имела записи о 1300 МО, а в начале 2012 в базе было 700 видов МО.
Кроме того, дополнительно доступны базы по туберкулезным и нетуберкуленым микобактериям (более 160 видов), а также мицелиальным и дрожжевым грибам (150 видов)