Как и все современные инновационные методы, масс-спектрометрия сперва может вызывать непонимание и опасение из-за непривычности подхода. В действительности, у рядового пользователя MALDI Biotyper не возникает необходимости погружаться в тонкости принципа действия или физических основ функционирования прибора. MALDI Biotyper управляется с помощью программы с интуитивно понятным интерфейсом на персональном компьютере под управлением привычной ОС Windows.
Как показывает многократный опыт обучения пользователей ранее не знакомых с масс-спектрометрией, система осваивается любым лаборантом за 1-2 дня.